Akatsuki, Masa Kepemimpinan Yahiko

Akatsuki awalnya adalah sebuah Organisasi Shinobi yang didirikan oleh Yahiko, Ninja Amegakure yang juga mantan murid Jiraiya bersama Nagato dan Konan. Tujuan Akatsuki yaitu untuk menciptakan Perdamaian, khususnya di Amegakure. Yahiko mengumpulkan orang-orang dengan visi dan misi yg sama dan melakukan banyak pertempuran dengan ninja musuh. pada awalnya Akatsuki bermarkas di rumah yg ditinggali Yahiko, Konan, dan Nagato dulu saat masih bersama Jiraiya, namun seiring bertambahnya anggota yang cukup pesat, Markas dari Akatsuki pun berpindah-pindah sampai bermarkas di menara-menara tinggi di Amegakure. Penampilan Akatsuki saat itu memakai Jubah hitam dengan Sabuk besar di bagian perut dan juga memakai ikat kepala lambang Amegakure. Anggota dari Akatsuki sangat loyal dan mempercayai Yahiko sepenuhnya, Yahiko menjadi sosok pemimpin yang dihormati dan menjadi panutan rekan-rekannya atas semangatnya dan impiannya dalam mewujudkan perdamaian. Akatsuki tumbuh dengan pesat, Anggotanya terus bertambah, meskipun banyak juga anggota yg gugur dalam pertempuran. keberadaannya mulai tersebar luas, namun seiring dengan perkembangannya, keberadaan Akatsuki mulai menarik perhatian Hanzo, pemimpin dari Amegakure. Hanzo mulai menganggap Akatsuki sebagai ancaman bagi dirinya. sehingga Hanzo melakukan siasat untuk menjebak mereka dengan mengadakan pertemuan.

Saat pertemuan itu, Akatsuki hanya dihadiri oleh Yahiko, Nagato, dan Konan, sedangkan Hanzo datang membawa pasukannya dan anggota ANBU Konoha, dia bersekutu dengan Danzo dari Root. dengan licik, Hanzo menyandera Konan, dan menyuruh Nagato untuk membunuh Yahiko, atau Konan akan Mati. Hanzo melemparkan kunai kepada Nagato, pilihan sulit pun diterima Nagato, dengan ragu Nagato mengambil kunai tersebut, Yahiko mendesak Nagato untuk membunuhnya, tentu saja Nagato tak dapat melakukannya, namun tiba-tiba Yahiko berlari ke arah Nagato dan menusuk dirinya sendiri dengan Kunai yg dipegang Nagato, hal itu membuat Nagato shock, sehingga kemarahannya tak terbendung lagi dan kekuatan Rinnegannya pun mulai bangkit, setelah itu Hanzo menyuruh pasukannya membunuh Nagato, Pasukan Hanzo menyerang dengan Shuriken dan Kunai, namun ditangkis oleh Shinra Tensei Nagato. dia kemudian melompat untuk menyelamatkan Konan, namun Nagato terjebak oleh ranjau kertas peledak Hanzo dan membuat kakinya terluka, meski begitu Nagato dapat menyelamatkan Konan. Nagato memanggil Gedo Mazo dan menghabisi pasukan Hanzo, namun Hanzo berhasil kabur. setelah kematian Yahiko, Nagato kemudian menjadi pemimpin Akatsuki, setelah itu semakin banyak anggota yg tewas, atas dasar kejadian pahit dan rasa sakit yg dialami Nagato selama ini, membuatnya mengubah pandangannya tentang perdamaian, sehingga Akatsuki berubah menjadi seperti sekarang. sebuah pernyataan mengejutkan dari Tobi ketika dia bertarung dengan Konan, tobi mengatakan bahwa dialah orang yang memicu Yahiko membentuk Akatsuki, dan dia jugalah yang memberikan Nagato rinnegan, belum dipastikan kebenaran dari perkataan Tobi, mengingat Tobi sangat cerdik dalam menghasut seseorang.